מקור המחלוקת קשור בדרישת רשות המסים שהשותפויות יגבו מראש את המס שבו חייבים מחזיקי יחידות השתתפות (יה"ש) בשותפויות. לפי טענת שותפויות הגז, הרשות נוקטת בשיטה שגורמת לחברות המחזיקות ביה"ש לשלם מס גבוה יותר מזה שעליהן לשלם, בעוד יחידים המחזיקים ביה"ש משלמים מס נמוך יותר.